Desde el periodo Clásico los mayas desarrollaron la navegación de ríos, lagos y la marítima costera de larga distancia en aras del comercio de bienes y productos que intercambiaban desde el Golfo de México, bordeaban Yucatán hasta la Bahía de Honduras. Se movilizaron con remos en cayucos de madera. Para la navegación costera idearon una compleja estructura de rutas de navegación y lugares de apoyo con sistemas de señalización en lugares estratégicos para poder ubicarse y entrar a los puertos en las desembocaduras de los ríos, vadeando los arrecifes. Cristóbal Colón vio una de esas embarcaciones larga y ancha, con unas 25 personas al llegar a la isla Guanaja en la Bahía de Honduras en 1502.
El descubrimiento y colonización de América por los españoles significó el arribo de buques, la inmediata fundación de puertos para el desembarque de los colonos y luego el comercio trasatlántico que se desarrolló entre España y sus colonias, pues los españoles no podían prescindir del vino, aceite, paños, lino, hierro, mercurio, papel, vinagre, aceitunas, almendras, higos y pasas. Del istmo centroamericano se exportó cacao, añil, zarzaparrilla, bálsamo, cañafístula, cueros de reses, madera, oro y plata, y de Nicaragua brea y alquitrán.
Los primeros puertos en el Mar Caribe fueron Puerto Caballos y Trujillo (Honduras). Por el lado del Pacífico Acajutla (El Salvador) y El Realejo (Nicaragua). Pedro de Alvarado construyó sus dos flotas en el astillero de Iztapa, pero zarpó de Acajutla al Perú y a las Islas de la Especiería. El transporte de las mercaderías hacia las ciudades del interior se hacía con recuas de mulas. De los puertos hondureños llegaban embarcaciones con mercancías para Guatemala que entraban por Bodegas del Golfo, al centro sur del Lago de Izabal.
Lamentablemente ya en el siglo XVI apareció la piratería que atacó Puerto Trujillo y Bodegas del Golfo. En 1604 se creó el puerto Santo Tomás de Castilla, que sustituyó al de Puerto Caballos por los ataques de los piratas que continuaron en todos los puertos del Imperio colonial español, sobre todo en el Mar Caribe. Para proteger el tesoro americano que enviaban las colonias a la metrópoli, Felipe II creó un sistema de convoyes: en la primavera salía la flota a Veracruz, de la cual se separaban dos o tres buques a las costas de Honduras, y en el verano salía el Galeón a Panamá y Cartagena de Indias. En enero se reunían ambos convoyes con los frutos coloniales y el oro y la plata americana en La Habana, se reabastecían y escoltadas retornaban a Cádiz.
El siglo XVII fue uno de depresión económica en Europa por las muchas guerras que se libraron en diferentes países. Además, después de la derrota de la Armada Invencible en 1588, Felipe II ya no pudo reconstruir parte de la flota destruida en dicho intento de invasión a Inglaterra, por lo que hubo inseguridad en los mares y las colonias sufrieron los ataques de los piratas más osados y temerarios. Se fortificaron los puertos de Veracruz, La Habana, Cartagena y San Juan (Puerto Rico), pero el sistema defensivo del Reino de Guatemala continuó siendo deficiente, con pocos pobladores en los puertos y sin armas. Por el Lago de Izabal entraban los navíos ingleses y holandeses sin mayor dificultad a Bodegas del Golfo, hasta que se construyó el fuerte de San Felipe de Lara en 1655. Puerto Caballos y Trujillo continuaron siendo atacados y saqueados en varias ocasiones. Es importante señalar que con la piratería también floreció el contrabando desde la toma de la isla de Jamaica por los ingleses en 1655.
En el siglo XVIII la nueva dinastía de los Borbones en el trono español introdujo una serie de reformas, como la construcción de barcos en astilleros españoles, se fomentó la minería de plata en Honduras y con más moneda circulante se reactivó el comercio del Reino. La producción del colorante añil gozó de gran demanda por su excelente calidad, ocupaba el segundo lugar en las importaciones de Cádiz después de la plata americana que representaba el 76%. El añil se reexportaba en un 80% a la industria textil de Inglaterra y Holanda. También se intercambiaron productos con Perú, como vinos, aceites, mercurio y otros frutos. Al incrementarse las exportaciones de añil se revivieron los puertos de Santo Tomás y Omoa, aunque este fue objeto de ataque y saqueo de los piratas que logró desalojar el Capitán General Matías de Gálvez en 1779, pues los ingleses habían ocupado la isla Roatán, desde donde operaban incursionando en las costas de Honduras y Guatemala.
En 1782 entró en vigor el reglamento de “libre comercio” dentro del Imperio. Lamentablemente las guerras de coalición contra Francia entre 1796-1802 bloquearon los mares y la Corona tuvo que autorizar el libre comercio con naciones neutrales. Entonces arribaron embarcaciones inglesas y estadounidenses a los puertos del istmo y se establecieron contactos con Boston, Filadelfia y Jamaica. Y los criollos se acostumbraron a los productos de la industria inglesa.
A partir de la independencia de 1821 se autorizó el libre comercio y tanto el gobierno como los comerciantes dependían de establecer un comercio exterior por puertos que contaran con buenas instalaciones de embarque y desembarque. Y aunque se identificó el Puerto de Iztapa como el más cercano a la capital, Belice, que había llenado el vacío comercial después del contrabando de productos ingleses a cambio de la plata hondureña y añil, continuó enviando mercancías inglesas a los puertos de Centroamérica en goletas, en especial al puerto de Izabal, cerca del antiguo Bodegas del Golfo, y a Omoa. Este comercio disfrutó de grandes rebajas de impuestos en Gran Bretaña y Belice.
El mantenimiento de los puertos y carreteras estaba a cargo del Consulado de Comercio de Guatemala, el cual velaba por sus intereses e hizo poco por el puerto de Iztapa, hasta que este empezó a cobrar importancia en la década de 1850, al ser frecuentado el Océano Pacífico por buques que a partir de 1855 contaban con una línea de ferrocarril interoceánica en Panamá para el trasbordo de personas y mercaderías. Muchos veleros y vapores veleros de diferentes nacionalidades, como la Pacific Mail Steamship Company y la British Mail SS, circulaban los mares hasta San Francisco California, lo cual permitió realizar exportaciones de café y azúcar, cultivos que estaban floreciendo en la vertiente del Pacífico de Guatemala.
Si en 1839 todavía era bajo el porcentaje de las exportaciones que salía por el Pacífico, esto fue cambiando cuando en 1853 se decidió trasladar el puerto de Iztapa al lugar llamado El Zapote, en donde se erigió Puerto San José y en 1868 se construyó un muelle para facilitar el embarque y desembarque de las personas, fardos y sacos de café. Para entonces el comercio vía Izabal y Belice ya había disminuido. Sin embargo, los comerciantes capitalinos no atendían las necesidades del resto del país, en particular el suroccidente, hasta que llegaron los liberales al poder y habilitaron puerto Champerico en 1871, puerto Lívingston en 1878 para los productos de Alta y Baja Verapaz, y el puerto de Ocós en 1884.
A su vez enlazaron estos puertos con el interior por medio de vías férreas entre 1877 y 1885 y se instalaron telégrafos, y los tramos faltantes en la etapa de auge del café en la década de 1890, quedando unida la red ferroviaria desde la frontera mexicana hasta la capital y en toda la franja de la bocacosta hacia los puertos. En Alta Verapaz los exportadores de café construyeron el Ferrocarril Verapaz a lo largo del Polochic de La Tinta a Pancajché. En 1883 se inició el Ferrocarril del Norte, que en 1897 llegó hasta el Rancho. Fue terminado por la United Fruit Company (UFCO) entre 1904 y 1908 de El Rancho a la capital. En 1912 la International Railways of Central America (IRCA) absorbió todos los ferrocarriles, menos el de Verapaz.
A mediados del siglo XX estos dos monopolios estadounidenses operaban el sistema ferroviario y portuario del país, dándole prioridad a las exportaciones de banano por ser perecedero. Para que los exportadores de café enviaran sus sacos vía Puerto Barrios, la tarifas al Mar Caribe eran más baratas que las que conducían a los puertos del Pacífico.
En 1951 el presidente Jacobo Arbenz inició la construcción de una ruta al Atlántico y también construyó un muelle en puerto Santo Tomás de Castilla para desligar a la nación de la dependencia de la frutera. Ambos puertos coexistieron hasta el terremoto de 1976, que destruyó a ambos. Solo fue reconstruido el puerto de Santo Tomás, que es de los más utilizados en toda Centroamérica. Al igual, en 1983 se inició con un dragado para la construcción de Puerto Quetzal entre los puertos de San José y el antiguo de Iztapa, el cual consta de instalaciones portuarias modernas y goza de gran intercambio comercial en la costa del Pacífico.
